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抽出
高品質な DNA を抽出することは、次に行う PCR の成否にかかわる重要なポイントです。
当社では検体の状態に応じてカラム法、またはマグネットビーズ法の DNA 抽出・精製キットを使い分けることにより、RNA やタンパク質の混入が少なくかつ十分な濃度の DNA を得られるよう工夫をしております。
HLA-A、B、Ｃでは、遺伝子全エクソンを、HLA-DRB1はエクソン2-4をターゲットとした約 3.5～6 kb の特異性の高い PCR を実現しています。解析結果によっては別セットの PCR を追加で行い、アレル判定をより強固なものにします。
PCR
シーケンシング
Oxford NANOPORE Technologies 社の次世代シーケンサー GridION を用いてロングリードシーケンスを行います。
当社はサービスプロバイダーの認定を取得しております。
HLA 型の判定は、数百塩基のショートリードシーケンスではデータを正確に繋げ合わせる必要があり、場合によっては判定困難となる事があります。
ロングリードシーケンスは数千塩基を一度に読み取ることが出来るので遺伝子全長を一度に読み取ることが可能となるため、複雑なデータの繋ぎ合わせを行う必要がなく、信頼度の高い型判定が可能となります。
解析ソフト NGSengine Turbo (GenDx) およびカスタム解析パイプライン (in-house) を構築し、2つの解析方法で、信頼度の高いタイピング（型判定）を可能にしています。
最終的に得られた配列を IMGT/HLA データベースと照合することで、アリルタイプを判定しています。
解析
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