遺伝子シーケンシング受託サービス（ヒトのみ）
弊社では、ナノポアシーケンサーによる次世代シーケンス（NGS）受託サービスをご提供しております。
全血からの DNA の抽出、増幅サイズ最大 15000 塩基までの PCR、NGSで出力された FASTAQ または uBAM 形式のデータのお渡しが標準的な内容となっております。
本サービスでは、オックスフォード・ナノポアテクノロジーズ社製の GridION を採用しシーケンシングをおこないます。
ゲノム上に類似配列が多くマッピングが難しい、といった場合などにナノポアシークエンスは有用なツールとしておすすめできます。
また、有償で PCR 用プライマーの設計も承ります。
『調べたい遺伝子名』を指定するだけで、当社が DNA の抽出～PCR～シーケンスまで実施してデータをご提供いたします。
※ 数％の体細胞キメラの検出には対応できません。ご了承願います。
☆ 近日開始予定
☆ こんな場合におすすめ
・exon だけでなく intron の配列も知りたい
・遺伝子が長い（exon数が多い）ためサンガー法によるエクソーム解析ではなく NGS を利用したい
・複数の遺伝子項目を含んだパネルではなく、単項目の遺伝子検査を多くの検体についてやりたい
・患者さんの遺伝子の多型を調べたいけどプライマーの設計をする時間がない
・複数の多型が同一染色体上にあるかどうか判定したい
・遺伝子の多型が判ればいいからリード数は多くなくてもいい
・ナノポアシーケンスに興味があるので試してみたい
サービス内容
・全血からの DNA の抽出
・PCR による任意のゲノム領域の増幅 （ご希望の場合、こちらでプライマーを設計）
・ライブラリーの作製
・NGS の実施
・FASTQ または uBAM 形式のファイルをお渡し（クラウドサーバーからのダウンロード）
測定に使用する機器
プラットフォーム：GridION
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データ量は使用するフローセルによってかわります。MinION フローセルをご希望の場合、在庫状況によっては3週間ほど入荷にお時間をいただきます。
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Flongle flow cell 1～2 GB または MinION flow cell 10 GB 以上保証
（サンガーシーケンス代わりにご利用の場合 Flongle で十分量のデータが得られます。）
ライブラリー調製用試薬：Ligation Sequencing Kit V14 / Native Barcoding Kit 24 V14
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バーコードでラベルすることにより一度に２４検体までシーケンシングを行えます。
サンプル条件
下記の条件で、全血またはゲノム DNA と PCR 用のプライマーが必要です。
・全血１cc：EDTA のみが添加された採血管（CBC 用採血管）を使用してください。
※ 白血球数の少ない方の場合、さらに多くの血液が必要となりますので事前にご相談ください。
・ゲノム DNA：濃度 20ng/μl、１項目につき 10μl 必要、純度 O.D.260/280=1.8～2.0 / O.D.260/230=2.0～2.2
※ ゲノム DNA が断片化していると PCR がうまくいかない場合があります。
※ PCR条件によっても必要量が変わります。
※ こちらでプライマーを設計したり、PCR に検討が必要な場合はさらに多くのDNAが必要となります。
・PCR 用プライマー：Forward / Reverse 各10pmol/μl、１～３検体につき 10μl 必要。
※ PCR条件も記載してください。PCR に検討が必要な場合はさらに多くのプライマーが必要となります。
※ マルチプレックス PCR 用のプライマーmixの場合、PCR 条件によって必要量が変わるため事前にご相談ください。
価格・納期
価格や納期は検体の種類、検体数、データ量等によって異なりますので、まずは弊社までお問い合わせください。
お見積もりの際は、下記の事項についてお知らせください。
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検体の種類（全血かDNAか）
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検体数
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測定項目数
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データ量
費用は以下の基準でプラスされます。ご参考ください。
全血＞DNA （DNAの抽出に掛かる諸経費）
複数検体に対して１遺伝子＞１検体に対して複数遺伝子 （ライブラリー調製に掛かる諸経費）
MinION flow cell を指定 （flow cell とデータ取得に掛かる諸経費）
実施データの１例：
検体数：４、遺伝子項目数（アンプリコンの数）：６、アンプリコンの長さ：5000～15000 塩基
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DNA 30～40 ng 使用して PCR → 精製後のアンプリコン 100～120ng/μl
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アンプリコン 400ng をテンプレートにしてライブラリーを調製。検体別にバーコードを付加。
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ライブラリー濃度 25.8ng/μl → 1.5μl Flongle flow cell にロード
（アンプリコンの長さによってロードする量が変わります）
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約５時間シーケンスラン
※バーコードごとやリード長ごとのリード数がリアルタイムで見られるため、必要に応じて切り上げることもできます。
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Total データ量：387.5 MB、QC Fail：26.6 MB、QC pass の Fastq file：１検体につき 71～76 MB
マッピングされた遺伝子ごとのリード数：350～10000
ライブラリーは 12μl 調製されるため、さらにデータ量が欲しい場合は追加でシーケンスをすることもできます。
同一ライブラリーを使用したシーケンスでは、ライブラリー調製に掛かる費用はいただきません。